| Form of studies |
Bachelor |
| Title of the study programm |
Smart Computer Technologies |
| Title in original language |
Reakciju atpakaļievietošanas metodes izstrāde optEnvelope programmai |
| Title in English |
Method for Reaction Reinsertions for optEnvelope Program |
| Department |
Faculty Of Computer Science Information Tehnology And Energy |
| Scientific advisor |
Kristaps Bērziņš |
| Reviewer |
Dmitrijs Bļizņuks |
| Abstract |
Bakalaura darbā risināta reakciju atpakaļievietošanas problēma, kas ir aktuāla sarežģītu metabolo tīklu modelēšanā. Šādos modeļos reakcijas bieži tiek izslēgtas, lai samazinātu to sarežģītību vai identificētu minimālās dzīvotspējas struktūras. Tomēr praksē rodas nepieciešamība šīs reakcijas atjaunot, lai saglabātu sistēmas darbību vai uzlabotu tās efektivitāti. Darba mērķis bija izstrādāt jaunu reakciju atjaunošanas algoritmu, ko iespējams integrēt optEnvelope un COBRA Toolbox rīkā, izmantojot MATLAB vidi. Izstrādātais algoritms balstīts uz iteratīvu reakciju ievietošanu, vadoties pēc mērķfunkcijas sasniegšanas, kas ļauj precīzāk noteikt būtiskākās reakcijas. Darbā veikta esošo reakciju ievietošanas metožu analīze un optEnvelope struktūras izpēte, lai nodrošinātu saderību ar izstrādāto risinājumu. Algoritms testēts uz ecoli_core_model, salīdzinot to ar esošo pieeju, un iegūtie rezultāti parāda uzlabojumus biomases un produkta attiecībā, saglabājot sistēmas stabilitāti. Darbs veido stabilu pamatu tālākai metodes attīstībai un pielietošanai biotehnoloģijas un optimizācijas uzdevumos. |
| Keywords |
optimizācija, COBRA Toolbox, optEnvelope, MATLAB |
| Keywords in English |
optimization, COBRA Toolbox, optEnvelope, MATLAB |
| Language |
lv |
| Year |
2025 |
| Date and time of uploading |
28.05.2025 00:07:26 |
